La métagénomique : une technique d’analyse innovante

L’unité EMaiRIT’S de microbiologie du CTCPA propose une nouvelle technique d’analyse : la métagénomique.

La métagénomique vise à étudier tout ou partie de la population microbienne présente dans un échantillon (environnement ou aliment) en réalisant un séquençage haut débit des génomes microbiens à l’aide de séquenceurs de nouvelle génération.
Ses utilisations sont principalement ciblées sur le contrôle qualité mais aussi sur la détermination ou l’extension de la durée de vie.

L’avantage de la métagénomique est la mise en évidence de l’ensemble des génomes car elle est réalisée directement sur l’échantillon sans passer par une étape de culture (contrairement aux méthodes de microbiologie classiques qui restent aujourd’hui les plus utilisées dans les laboratoires d’analyses d’aliments). De plus, cette technologie se caractérise par une profondeur d’analyse qui permet de caractériser aussi bien les flores majoritaire que les flores minoritaires 100 fois moins concentrées par exemple, ces flores étant non détectables par la microbiologie classique.

Les coûts d’analyses par métagénomique ont considérablement diminué et cette méthode se généralise peu à peu en agroalimentaire. Les délais d’analyses ont également diminué, ils sont compris entre 10 et 15 jours contre 25 à 30 jours pour l’analyse classique.
Le laboratoire de microbiologie propose également une autre technique qui consiste à extraire directement l’ADN de la matrice avec des résultats disponibles entre 2 et 15 jours pour détecter une flore en particulier.

Contact : Dr. Stella Planchon, CTCPA Avignon, avignon@ctcpa.org

Nous vous proposons des analyses et des essais agroalimentaires réalisés en interne au sein de nos laboratoires